Pada tahun 1910 kampung Bohotokong pemerintahannya sudah dibawahi oleh seorang Kepala Kampung yang telah diangkat dan disepakati oleh warga. Adapun yang menjadi Kepala Kampung pada waktu itu adalah H. Lamase. 

Pada tahun 1920 Kepala Kampung H. Lamase berhenti dari jabatannya, maka warga mengangkat penggantinya bernama Someng. Selama Someng menjadi Kepala Kampung, ia sempat memerintahkan kepada warga untuk membangun rumah ibadah yang sangat sederhana secara bergotong royong. 

Setelah Someng berhenti menjadi Kepala Kampung, maka pada tahun 1930 beliau digantikan oleh Abdjado Laria. Dimasa kepemimpinan Abdjado ini kurang lebih 5 (Lima) tahun, warga belum sempat menggiatkan pembangunan, mereka semata-mata bertani untuk memenuhi kebutuhan ekonomi.

Pada tahun 1935 Kepala Kampung Abdjado Laria digantikan oleh Lanusu Ladaude. Pada masa kepemimpinan Lanusu Ladaude ia memerintahkan seluruh warga untuk mengadakan pemugaran rumah ibadah (masjid) yang bangunannya masih sederhana.

Ditahun 1947 Kepala Kampung Lanusu berhenti dari jabatannya dan beliau diangkat oleh warga menjadi imam masjid Bohotokong, selanjutnya masyarakat memilih AR. Toami sebagai Kepala Kampung hingga tahun 1957. Dimasa kepemimpinan AR. Toami, beliau menggiatkan pembangunan termasuk sarana pendidikan.

Pada tahun 1957 Bohotokong dipimpin oleh Hasan Bafadal, pembangunan yang telah direalisasikan oleh beliau adalah sebuah gedung SD dan lembaga sosial desa melalui swadaya dan subsidi masyarakat. Hasan Bafadal memimipin Bohotokong hingga tahun 1971.

Pada tahun 1971 Desa Bohotokong dipimpin oleh Madu Latabila, Madu Latabila ini terpilih menjadi Kepala Desa melalui proses pemilihan Kepala Desa, 3 (tiga) tahun beliau menjabat kemudian ia digantikan kembali oleh Hasan Bafadal. Saat Hasan Bafadal sedang menjalankan tugas pemerintahan, ia meninggal dunia pada tahun 1978.

Pada tahun 1978 Husen Taher terpilih menjadi Kepala Desa melalui proses pemilihan Kepala Desa, kemudia pada tahun 1985 diadakan lagi pemilihan Kepala Desa dan Husen Taher terpilih kembali hingga bulan November 1994. Pada mas itu diadakan kembali pemilihan Kepala Desa dan Husen Taher tetap terpilih kembali menjadi Kepala Desa Bohotokong hingga tahun 2003.

Adapun pembangunan yang telah dilaksanakan dimasa kepemimpinan beliau antara lain :

1. Bangunan Masjid permanent di Dusun II melalui swadaya masyarakat dan bantuan pemerintah.
2. Pembangunan gedung SD Bohotokong
3. Pembangunan Pos Kamling sebanyak 3 unit
4. Pembangunan jalan lorong ke pantai Bohotokong, dan jalan jurusan Dondo-Laonggo yang ada di Dusun IV

Setelah masa jabatan Husen Taher selesai, selama satu tahun Desa Bohotokong dipimpin oleh Sekretaris Desa yang dijabat oleh Suardy Lahay. Tepat pada tanggal 10 Pebruari 2005 diadakan kembali pemilihan Kepala Desa, adapun Kepala Desa yang terpilih adalah Bahsin Zulhijah. Pada tanggal 11 April 2005 Bahsin Zulhijah dilantik secara resmi menjadi Kepala Desa Bohotokong untuk masa bhakti 2005-2010, pada masa bhakti 2010-2016 terpilih lagi Bahsin Zulhijah untuk periode kedua dan pada masa bhakti 2016-2022 bapak Bahsin Zulhijah masih terpilih lagi untuk ketiga kalinya hingga akhir masa jabatannya.

Pada Tahun 2022 diselenggarakan Pemilihan Kepala Desa serentak gelombang pertama, dan terpilihlah Satar Atuka sebagai Kepala Desa Bohotokong periode 2023-2028. Mudah-mudahan dengan kepemimpinan yang baru Desa Bohotokong bisa terus maju, mandiri dan berkembang di tahun-tahun yang akan datang.

Berikut Nama dan Urutan Kepala Desa Bohotokong sejak Tahun 1910 hingga sekarang